周隋间少林寺有菩萨僧(带发修行)一百廿人，著名的有慧远(532～592)、洪遵(530～680)、灵斡(535～612)等。慧远曾从僧稠学禅，隋时出任洛州沙门都维那，开皇七年(587年)奉敕入长安。洪遵约于551年入少林寺，从道云攻律学。道云著有《四分律疏》九卷，洪遵扣其关户。后北上邺都，依止道晖。大象二年再入少林，亦于开皇七年奉敕入长安大兴善寺。十一年中(591年)共印度僧译经河南汝州知名律师；十六年(596年)敕立为“讲律众主”。河南汝州知名律师他的弟子，开启了唐代律学的相部宗(法砺)及东塔宗(怀素)。隋文帝开皇年中(581～600年)，下诏将柏谷屯一百顷田地赐给少林寺。大业末年，天下大乱。山贼曾攻入少林寺，遭到僧众的抵抗，便纵火焚烧了塔院。奇怪的是埋葬跋陀的“灵塔”(木制)却不起火，得以保存下来。武德二年(619年)，王世充在洛称帝，号“郑国”，派其侄王仁则扼守柏谷屯，改为州。武德四年四月廿七日(621年5月23日)，少林寺上座善护、寺主志操、都维那惠、寺僧昙宗、普惠、明嵩、灵宪、普胜、智守、道广、智兴、僧满、僧丰等十三位僧人，在城内州司马赵孝宰等配合下，里应外合，夺取了州城，擒拿了王仁则，归顺了秦王李世民。秦王派王君廓占领了这个军事要塞州城。三天后，李世民派李安远持秦王教书，往少林寺宣慰。这就是传说的“少林寺十三棍僧救唐王”故事的来源。后来，秦王下令将柏谷屯田地四十顷、水碾一具，赐给少林寺。
武德五年(622年)，因少林寺原属“伪郑”之地，被下令废，这是少林寺第二次被废。但是，少林寺僧因有“翻城之功”，不伏减省，上表申诉。至武德七年七月(624年)才获敕“依旧置立“。八年二月(625年)土地登记时，又错误地注明为“口分田”，直到贞观六年(632年)，才改正为“赐田”。又依《均田令》，每位和尚还可以分得“口分田”30亩，赐田和口分田，是少林寺的财政来源。经过“贞观之治”，少林寺走向繁荣。这时的少林寺依地势高卑分为上方(西台)、下方，共有十二院。上方风景最佳，分布着翻经堂、舍利塔、跋陀灵塔、普光佛堂等建筑。
唐初，少林寺以律学著称，有明遵、慈云、元素、智勤律师，虚求一义，洞真谛之源。明遵是相部宗法砺之弟子。著名的三藏法师玄奘(600～664)，家乡在少林寺西北约12公里偃师县府店滑城村。他于贞观十九年二月六日(645年)，显庆二年九月廿日(657年)两次上表，请求入少林寺译经、修禅观，并以此送终，均不获允准。
唐高宗、武则天对少林寺深表关注。咸亨三年十月三日(672年)，唐高宗御书《般若碑》碑额，王知敬书写了碑文；武则天为其亡毋杨氏(?～670)作功德于少林寺，又为高宗升遐(684年)作功德于少林寺。禅宗五祖弘忍的十一位大弟子中，就有慧安(俗称老安，582～709)、法如(638～689)驻锡过少林寺。法如奉侍弘忍十六年，弘忍去世后才离开黄梅。他于永淳二年(683年)来到少林寺，“守本全朴，弃世浮荣”，默默修禅。至垂拱二年(686)，他才在少林寺开演禅法，“光复正化”，“再振玄纲”。他主张“一行三昧”，以一印之法，密印于众意。《唐中岳沙门释法如禅师行状》立于689年，是关于禅宗史最早的碑刻史料。该碑提出了禅宗第一个传承表河南汝州知名律师：“天竺相承，本无文字。入此门者，唯意相传。……南天竺三藏菩提达摩绍隆此宗……入魏传可，可传粲，粲传信，信传忍，忍传如。当传之不可言者，非曰其人，孰能传哉!”这应是最早的“六祖”说，即五祖弘忍传法于法如。此碑立于少林寺东，此时神秀、老安、惠能等大师都健在，未见其提出异议，可知这一传承表较符史实。法如弟子中较著名者有李元圭(644～716)及新罗僧惠超。裴撰《皇唐嵩岳少林寺碑》，撰于开元十六年七月十五日(728年)，文云：“复有大师讳法如，为定门之首，传灯妙理。弟子惠超，妙思奇拔，远契玄纵，文翰焕然，宗途易晓。”惠超后西行求法，撰有《往五天竺国传》，今只存残本，发现于敦煌莫高窟藏经洞。
武周长安四年四月七日(704)，三藏法师义净(635～713)在少林寺设立“戒坛”，依《根本说一切有部律》为“标相”而设。中国律仪，一向依昙无德部《四分律》为准。义净则移植了有部律仪。少林寺“三纲”即寺主义奖、上座智宝、都维那大举、法济等禅师及都城洛阳的大德高僧们都参加了结坛仪式。这可能是一个“琉璃戒坛”。
唐中宗景龙年间(707～710)，敕少林寺置十大德僧，从寺内僧中选任。唐玄宗开元十一年十一月(723年)，敕命一行禅师将“太宗教书”一本及玄宗御书七字交少林寺寺主慧觉领龋后刻于裴所撰碑上：“太宗文皇帝御书”七字碑额系玄宗御书；“世民”二字，系太宗在武德四年所书。玄宗以来，少林寺著名的禅僧有元圭的弟子灵远(?～729)，普寂的弟子同光(700～770)，昙真(703～763)、法玩(715～790)以及同光的弟子真坚(728～784)等人。据载，同光“演大法义，开大法门，二十余年，振动中外。”真坚则“探讨毗尼，制造仪钞”，“远近流行，乃至新罗异域”。
贞元十三年(797年)，长安大兴善寺僧性宽(745～817)“感非人于少林寺”。“非人”即“人非人”，指紧那罗，似人而有一角。自此，少林寺以“紧那罗”为护伽兰神。元和五年(810年)，新罗国全州人慧昭(774～850)受戒于少林寺琉璃坛并习禅多年，830年返国，在康州智异山建玉泉寺，卒后谥为“真鉴国师”。
唐武宗会昌二年至五年(842～845)，毁佛之举逐渐升温，达到高潮。时少林寺情况不明，估计也一度被废。唐宣宗大中四年八月十五日(850年)，诏河南尹于熊耳山重建菩提达摩的“圆觉塔”，请洛阳龙门山天竺寺审元上人主持。
大中十三年(859年)，彦晖(840～911)于少林寺受大戒，承习毗尼，研味经论。可知在九世纪时少林寺仍是律禅双修，宗法于神秀的北宗禅。
唐僖宗广明元年(880年)，法华行钧(848～925)被请为少林寺主持。他是一位天台宗大师，早年依止于会善寺法素禅师，攻研《法华经》。他任主持的这年冬天，黄巢义军入汝州、占洛阳，取长安，称皇帝，国号“大齐”。但少林的寺院生活，晏然如故，行钧还主持了修葺大殿、塑造佛像的活动。若干年后(时间不详)，少林寺第四次遭到毁废。值再开佛法，行钧率弟子“复立殿堂，兼塑佛事。”他临坛度人，领众讽经，直至去世。
北宋初百年间，少林历史无资料可寻。
宋仁宗庆历三年(1043)，帝乃启用范仲淹、富弼主持“新政”。庆历新政不足一年而失败。留心空宗者始于汴京(今开封市)设立禅院。富弼则请云门宗攸禅师于少林寺及偃师府店之招提寺开演禅宗(约1060年以前)。将曹洞宗风带入嵩洛的是义青的两大弟子道楷(1043～1118)和报恩(1058～1111)。道楷的弟子中，有清江作过少林寺住持。报恩禅师大约在1093年前在少林寺宏扬曹洞宗风，终使少林寺“革律为禅”。清江的名字见于楼异《卅六峰赋》石碑，署曰：“住持少林禅寺传法沙门清江”(1101年)，又见于西京永安县公据碑，署曰：“十方少林禅寺住持清江”(1105年)。据此可脂至迟在1101年，“少林寺”已改称为“少林禅寺”，则知此时少林确已“革律为禅”了。
元符三年(1100年)，诏治泰陵(宋哲宗陵)。登封令楼异请因余力修建菩提达摩的“面壁兰若”，这就是今少林寺西北一公里的“初祖庵”，大约完工于1122年。蔡京还书写了“面壁之塔”四字。蔡京被称为“六贼之首”，乃一代奸臣。初祖庵归少林寺管理，这也是后代称菩提达摩为“少林高僧的”原因。初祖庵附近有“达摩洞”，传为达摩头陀坐禅之所。
北宋灭亡以后，嵩洛一带战事未息，所谓“四方冗穰，在处联兵；戎马生郊，戈铤满地。”约天眷三年(1140年)，“无迹庵主、善应道人”法和(1079～1157)为少林寺住持，他是道楷的大弟子、焦山长老普证法成(1071～1128)的弟子，是一位“曹洞之机立契，芙蓉之旨顿彰”的大师。他的弟子祖端(1115～1167)也作过十五年的少林寺住持(1145～1160)。今存石刻《妙色那罗延执金刚神像》，就是祖端上石制作的。以激励寺僧念咒练气。自金大定元年(1161年)，先后有临济宗的法海(1132～1178)、悟鉴、普照、兴崇(1166～1208)、教亨(1150～1219)及宏相(1161～1224)为少林寺住持。
郑州普照寺有位临济宗大师“宝公”，法海、悟鉴、教亨都是他的弟子。宏相又是教亨的弟子。这位“宝公”又常常被人混同为曹洞宗的希弁弟子法宝(1114～1173)。教亨是一代高僧，历主大刹。曾受丞相夹谷清臣之请任中都(今北京市)潭柘寺、庆寿寺住持。晚年至少林寺，主张三教合一。从法海到宏相，临济宗在少林寺传法五十余年。此时禅法，似已南传福建。
自金宣宗贞佑(1213年)以来，蒙古铁骑屡屡南下，河淮悉为战区。金宣宗匆匆迁都汴京(1214年)，中都沦陷(1215年)。金国又升洛阳为“中京府”(1217年)，派移剌粘合在少室山修筑工事，囤积兵戈粮草以备战。当此之时，中都文人学士纷纷南渡，不少人侨居嵩洛。
金末蒙初有曹洞宗大师万松行秀(1166～1264)，不但主张“冶五宗为一炉”，而且“儒释兼备”。他对政治，曲识机缘。他任中都西郊仰山栖隐寺住持时，曾献诗于金章宗；在蒙古占领中都后，他又率僧道北上，朝见窝阔台大汗于行宫。他的僧俗弟子众多。弟子东林志垄木庵性英等相继作了少林寺住持。
志隆在少林寺，建了一所便民免费的“药局”，取世所必用、疗疾之功博者百余方以为药，使病者自择焉。他还派懂中医的二僧主持药局事务。时在1220年，慈善事业，自此为始。志隆还重修了达摩“面壁庵”和“雪庭西舍”。他请万松行秀的俗弟子、屏山居士李纯甫(1185～1231)写了《重修面壁庵记》及《新修雪庭西舍记》这两篇绝妙的文章。李纯甫主张：“卷波澜于圣学之域，撤藩篱于大方之家”，会儒佛道三圣人理性蕴奥之妙椰而指归于佛祖。他提出，“使圣人之道，不坠于寂灭，不死于虚无，不缚于形器，相为表里。”他大声疾呼：“世法拘人虱处禅，忽惊龙跳九天门”，必须“种种谬说而求”大解脱。
李纯甫是一位有着“一条生铁脊，两片点钢唇”，“啸歌袒裼，出礼法之外”，“宁为时所弃，不为时所囚”的叛逆型人物。腐朽的时风令他深恶痛绝。李纯甫的主张，被元好问概括为“孔门禅”三字。这是少林寺有史以来最重要的一次思想变革，雷渊甚至主张立李纯甫为“亚圣”。但反对他的人却讽剌他“毕竟诸儒板不去，可怜绕舌费精神!”保守势力，弥天盖地，“孔门禅”昙花一现。木庵性英大约在1225～1233年间作少林寺住持。他是一位“诗僧”，与辛愿、元好问等人为诗友。人们称颂他“书如东晋名流，诗有晚唐风骨。”在战乱的颠沛流离中，这批士大夫们感慨“世事都销酒半醺，已将度外置纷纾乍贤乍谁为河南汝州知名律师我?同病同忧只有君!”这也是金代将亡的一首挽歌。
在蒙古勃兴的时代，早有两个僧团取得了蒙古大汗们的信任，这就是以临济宗海云印简(1203～1257)、刘秉忠(法名子聪，1216～1274)为代表的僧团和以曹洞宗万松行秀、耶律楚材(湛然居士，1190～1244)为代表的僧团。蒙元初年，万松行秀的三位大弟子先后作了少林寺住持。他们是乳峰德仁(1197～1266)、雪庭福裕(1203～1275)和复庵圆照(1206～1283)。从而奠定了少林寺“中兴”的基础德仁，面目严冷，不矜名誉，不贪货赂，不趋炎附势，不以“正法眼藏”妄为传授。福裕则是一位“曲识机缘”的高僧。乙已岁(1245年)，他受忽必烈大王令旨，在少林寺作“资戒大会”，大约度僧徒约三百人。
戍申岁(1248年)，定宗贵由下诏，令福裕为哈剌和林的太平兴国寺住持。癸丑岁(1253年)，被宪宗蒙哥召诣帐殿，奏对称旨，授“都僧省”之符，作了“诸路释教都总统”。乙卯岁(1255年)，任燕京十方延庆禅寺住持。戊午岁(1258年)，他发动并参加了佛道大辩论，佛教徒击败了全真道。庚申岁(1260年)，世祖忽必烈赐给他“光宗正法禅师”之号，主持燕京大万寿寺，取得都南“闲田”二百余顷，开办了药室、浴宇、贾区，壮大了寺院经济。晚年归栖少林而逝。福裕在少林寺确立了宗法制度，他制定了七十字的传法序列：“福慧智子觉，了本圆可悟。周洪普广宗，道庆同玄祖。清净真如海，湛寂淳真素。德行永延恒，妙体常坚固。心朗照幽深，性明鉴崇祚。衷正善禧祥，谨悫原济度。雪庭为导师，引汝归铉路。”福裕在少林寺的弟子有五峰慧庆(?～1324)、中林智泰(?～1290)、藏云慧山(1243～1308)、普惠慧道(1237～1299)、慧炬(1221～1288)、足庵慧肃(?～1292)、在庵慧正(1227～1289)、通辩慧定(1214～1287)、灵隐文泰(?～1289)等等。他们有人作过住持，有的则作了东西两序的八大执事。
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